The right way to Get Found With G

[Britt Hedin]

<br> Objectif: Développer un système complètement automatique pour segmenter la moelle épinière et les lésions intramédullaires sur des IRM conventionnelles humaines. Une évaluation quantitative des atteintes structurelles portées à la moelle épinière (e.g. sévérité de l’atrophie, extension des lésions) est essentielle pour le diagnostic, le pronostic et la supervision sur le long terme de maladies, telles que la SEP. De plus, le développement de biomarqueurs impartiaux est indispensable pour évaluer l’effet de nouveaux traitements thérapeutiques. La segmentation de la moelle épinière et des lésions intramédullaires de SEP sont, par conséquent, pertinentes d’un level de vue clinique, aussi bien qu’une étape nécessaire vers l’interprétation d’images RM multiparamétriques. Nous avons demontre la faisabilité d’estimer la densite et le diametre des axones dans la moelle epiniere humaine en utilisant une IRM distinctive au monde installee a Boston, le “scanner Connectom”, capable d’atteindre des gradients de champ magnetique de r@@mT/m. Malgré de considérables récents développements dans le traitement d’images MR de moelle épinière, il n’y a toujours pas de méthode disponible pouvant fournir une segmentation rigoureuse et fiable de la moelle épinière pour un large spectre de pathologies et de protocoles d’acquisition. Cependant cette methode ne donne qu’une info partielle de la microstructure de la matiere blanche et ne tient pas compte de la gaine de myeline entourant les axones.<br>
<br> Concernant les lésions intramédullaires, une recherche approfondie dans la littérature n’a pas pu fournir une méthode disponible de segmentation automatique. Les sujets scannés comportent 459 sujets sains, 471 patients SEP et 112 avec d’autres pathologies affectant la moelle épinière. Le procédé de segmentation a été entrainé et validé sur une base de données privée composée de 1943 photos, acquises dans 30 différents centres avec des protocoles hétérogènes. Elle contient des neurones responsables d’importantes fonctionnalités et guarantee la transmission d’informations motrices et sensorielles entre le cerveau et le système nerveux périphérique. Cette maladie se caractérise par une destruction progressive des cartilages se trouvant au niveau des articulations entre les vertèbres cervicales. Concernant la segmentation des lésions, les résultats sont encourageants, malgré un taux de faux positifs relativement élevé. Résultats: L’approche basée sur les réseaux de neurones à convolution a fourni de meilleurs résultats que PropSeg, atteignant un Dice médian (intervalle inter-quartiles) de 94.6 (4.6) vs.<br>
<br> Results: The CNN-based mostly strategy achieved better results than PropSeg, yielding a median (interquartile range) Dice of 94.6 (4.6) vs. For the lesion segmentation process, our technique provided a median Dice-overlap with the handbook segmentation of 60.Zero (21.4) %, a lesion-based mostly true positive charge of 83 (34) % and a lesion-primarily based precision de 77 (44) %. Conclusion: An unique fully-computerized methodology to segment the spinal cord and intramedullary MS lesions on MRI knowledge has been devised during this Master’s undertaking. A few of the instruments developed throughout this Master’s venture are already integrated into automated evaluation pipelines of clinical research, together with MS and Amyotrophic Lateral Sclerosis patients. There’s due to this fact a need for automated segmentation strategies to facilitate the effectivity of analysis pipelines. Despite latest substantial developments in spinal cord MRI processing, there is still no methodology available that can yield strong and dependable spinal cord segmentation across the very numerous spinal pathologies and information options.<br>
<br> In a number of sclerosis (MS) patients, the spinal cord is regularly affected by atrophy and/or lesions. The robustness of the spinal cord segmentation has been demonstrated, even on challenging pathological circumstances. Certains des outils développés pendant ce projet de Maîtrise sont déjà utilisés par des analyses d’études cliniques, portant sur des patients SEP et sclérose latérale amyotrophique.———-Abstract Context: The spinal cord is a key element of the central nervous system, which contains neurons answerable for complicated functions, and ensures the conduction of motor and sensory info between the mind and the peripheral nervous system. La segmentation automatique de lésions est compliqué pour plusieurs raisons: (i) la variabilité des lésions en termes de forme, taille et place, (ii) les contours des lésions sont la plupart du temps difficilement discernables, (iii) l’intensité des lésions sur des photos MR sont similaires à celles de buildings visiblement saines. Le cerveau et la moelle épinière ont été délimités / contournés ainsi que les organes environnants à risque.<br>

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